實時熒光PCR(qPCR)通過熒光信號實時監(jiān)測DNA擴(kuò)增過程,其數(shù)據(jù)解讀需結(jié)合擴(kuò)增曲線、Ct值及熔解曲線進(jìn)行綜合分析。
數(shù)據(jù)解讀核心要點
擴(kuò)增曲線分析
正常擴(kuò)增曲線應(yīng)呈“S”型,包含基線期、指數(shù)期和平臺期。若曲線出現(xiàn)早期翹尾(非特異性擴(kuò)增)或晚期平臺期波動(熒光淬滅),可能提示引物二聚體或試劑降解。例如,某實驗室因使用過期探針,導(dǎo)致30%樣本擴(kuò)增效率下降。
Ct值判定
Ct值(閾值循環(huán)數(shù))反映初始模板量,需確保其落在標(biāo)準(zhǔn)曲線線性范圍內(nèi)(通常15-35循環(huán))。若Ct值異常偏低(<15),可能存在污染;若偏高(>35),需排查樣本降解或提取效率問題。某臨床檢測發(fā)現(xiàn),血液樣本儲存超48小時后,Ct值平均延遲3個循環(huán)。
熔解曲線驗證
單峰熔解曲線(Tm值一致)表明特異性擴(kuò)增,雙峰或多峰提示引物二聚體或非目標(biāo)產(chǎn)物。例如,SYBRGreen法檢測中,若熔解溫度偏離預(yù)期(如目標(biāo)產(chǎn)物Tm=82℃,實際出現(xiàn)78℃峰),需重新設(shè)計引物。
常見問題及解決方案
無擴(kuò)增或擴(kuò)增延遲
原因:模板降解、引物失效、酶活性不足。
解決:重新提取DNA/RNA,使用新鮮引物,分裝酶試劑避免反復(fù)凍融。
非特異性擴(kuò)增
原因:引物設(shè)計不佳、退火溫度過低。
解決:優(yōu)化引物(GC含量40-60%,長度18-22bp),提高退火溫度5℃。
重復(fù)性差
原因:加樣誤差、儀器溫控波動。
解決:使用排槍加樣,定期校準(zhǔn)儀器(如溫度精度±0.2℃)。
熒光信號異常
原因:ROX參考染料缺失、濾光片錯位。
解決:補(bǔ)充ROX染料,檢查儀器光路系統(tǒng)。
質(zhì)量控制建議
每次實驗設(shè)置陰性對照(無模板)和陽性對照(已知濃度模板)。
標(biāo)準(zhǔn)曲線R²值需≥0.99,擴(kuò)增效率保持在90-110%。
定期清潔儀器光路,避免灰塵影響熒光檢測。
通過系統(tǒng)分析擴(kuò)增曲線形態(tài)、Ct值分布及熔解曲線特征,結(jié)合嚴(yán)格的質(zhì)量控制措施,可顯著提升qPCR數(shù)據(jù)的可靠性與重復(fù)性。